0卷：东京都立咒术高等专门学校
时间设定在正篇两年前，主角是乙骨忧太。
他被自己从小订婚的少女——祈本里香所“诅咒”，对方因车祸死亡后化为“特级过咒怨灵”，以极端暴力手段“保护”他。
乙骨因此被咒术界判处秘密死刑，却被“最强咒术师”五条悟救下，转入“东京都立咒术高专”学习控制咒力、学会主动保护别人。
同期同学包括：擅长咒具战斗的禅院真希、说话会变成咒术的狗卷棘、自走型咒骸熊猫等人。
一边是乙骨学习咒术、逐渐建立自信，另一边是叛逃的特级咒术师夏油杰筹备恐怖袭击“百鬼夜行”：
计划在圣诞节于新宿、京都释放上千只咒灵屠杀普通人；
同时趁机袭击咒术高专，抢走“咒灵女王”祈本里香。
最终，乙骨为守护同伴，完全释放里香的力量，与夏油决战。
胜负已分之际，他才意识到：其实不是里香诅咒了他，而是自己在否认她的死亡、出于“最爱的执念”将她变成了怨灵。
在乙骨主动解除诅咒后，里香以人类的模样笑着向他告别并成佛。
夏油在逃走途中，被昔日挚友五条悟亲手终结肉体生命。
但这具遗体，之后被更深层的黑幕——羂索盗走，变成日后“伪夏油”的壳。
正篇开端：虎杖悠仁的觉醒
咒术高专入学
虎杖悠仁，宫城县仙台市的一名体育怪物高中生，不知道自己父母是谁，从小由爷爷虎杖倭助抚养长大。
爷爷去世那晚，他遵从遗言“帮助他人、让别人有个‘正确的死’”，在学校深夜出现的咒灵事件中，为救朋友，一口吞下封印多年的特级咒物——“两面宿傩的一根手指”。
结果，传说中的“咒灵之王”两面宿傩在他体内复活，虎杖却意外靠意志压制了宿傩的意识，成为千年难遇的“宿傩之器”。
咒术界本想立即处决他，却被五条悟挡下，提出“让虎杖把所有二十根手指都吃完，再一并处死”，好一次性解决宿傩问题。
就这样，虎杖以“死刑延期”为代价，以咒术高专一年级生身份开始训练，与同期生：
阴郁却正直的“式神使”伏黑惠，
来自“非常讨厌家乡”的火爆乡下女孩钉崎野蔷薇，
组成战力怪小队。
初期任务与成长：咒胎戴天、幼鱼与逆罚
虎杖入学不久，就与伏黑、钉崎组队执行少年院特级咒灵任务。
为让同伴逃生，他主动把身体交给宿傩，结果宿傩杀了咒灵后拒绝还权，顺便把自己心脏掏掉，让虎杖当场死亡。
虎杖在“内心世界”与宿傩达成“契约”（虎杖本人事后被强制遗忘）：
当宿傩说出“契阖”一词时，虎杖必须无条件让出肉体1分钟；
宿傩承诺在这一分钟内不杀人不伤人。
于是虎杖复活，开始由五条单独特训，同时对“正确的死”有了更沉重的理解。
之后，虎杖与一流咒术师七海建人搭档，调查川崎市的离奇变死案，遇到以人类恐惧为食的特级咒灵真人。
真人可以直接捏动人的“灵魂形状”，将人类扭曲改造成“改造人”。
被校园霸凌逼到绝境的高中生吉野顺平，被真人洗脑利用，差点酿成校园大屠杀。
虎杖用真心让顺平重新想要活下去，却眼睁睁看着他被真人随手玩死，这件事给虎杖留下极重心理阴影，也彻底结下他与真人的不共戴天之仇。
京都姐妹校交流会与起首雷同
每年东京校与京都校会举办“姐妹校交流会”，形式是不限手段的大乱斗。
京都校一方在保守派高层授意下，打算趁比试“暗杀”虎杖，结果被一人战力极度离谱的东堂葵强行打断。
东堂先把虎杖打得怀疑人生，又因为对方“喜欢臀大腿粗的女性”这一答案，瞬间视他为“挚友”，现场手把手教虎杖如何正确运用咒力，逼他完成“黑闪”这一境界。
两人后半场联手对战入侵交流会的特级咒灵花御，战斗张力十足。
交流会后，虎杖、伏黑、钉崎调查埼玉“八十八桥”连续死者事件。
这里牵扯出伏黑的义姐伏黑津美纪数年前被诅咒的真相，以及特级咒物“咒胎九相图”的三兄弟：胀相、坏相、血涂。
虎杖与钉崎打败坏相与血涂，反而因此被胀相死记在“仇人清单”上。
五条与夏油的过去：怀玉·玉折
这段回忆篇发生在2006-2007年，讲述五条悟和夏油杰还在高专读书、并肩作战的时期。
怀玉篇
当时“不死术式”的核心存在天元即将与“星浆体”同化以维持稳定，那位星浆体就是中学生天内理子。
五条与夏油接到任务：保护理子，直到她顺利与天元同化。
一路上他们击退不少袭击者，包括呪诅师集体“Q”和信奉天元却反对同化的宗教团体“盘星教”。
就在他们抵达天元所在的“薨星宫”门口时，传奇杀手、无咒力体质却靠“天与咒缚”身体素质碾压一切的伏黑甚尔突袭成功：
先以绝对优势击倒五条悟，
再在夏油面前一枪爆头理子。
失去“星浆体”的同化，天元被迫“进化”为更高等的存在，但凭结界术艰难维持理性。
甚尔完成任务拿到巨额报酬后，却被用反转术式“复活”的五条以压倒性姿态击杀。
临死前，他提到自己把儿子“伏黑惠”卖给禅院家，并说“五条会来处理的”。
玉折篇
理子的死和盘星教信徒为她的死鼓掌庆祝的画面，深深动摇了夏油“守护非术师”的信念。
之后，他见证同伴战死、被非术师虐待的咒术孤女枷场美美子、枷场菜菜子的悲惨境遇，最终彻底崩坏：
杀光虐待这对姐妹的村民；
杀死自己的父母；
被咒术界定性为“史上最恶的咒诅师”，通缉处决。
夏油劫持并接管了盘星教，把信徒当“资源”收集钱和咒灵。
他向五条坦白：要“杀光非术师，建立只属于咒术师的世界”，两位旧友就此分道扬镳。
宵祭与渋谷事变：五条悟被封印
内通者与宵祭
在姐妹校交流会事件后，高专内部排查发现：京都校二年级生、操控机械人偶的与幸吉（究极·机械丸）是黑幕一方的“内线”。
他以“真人用术式修复自己严重残疾的身体”为交换条件，向羂索提供高专情报。
然而在看到真人一伙违反“不得伤害京都校学生”的约定后，与幸吉反悔，在自己的巨大装甲傀儡“究极机械丸·绝对形态”里，与真人与伪夏油决战，最终战死。
但他事先留下的自动傀儡，成为后来揭示“五条被封印”和“羂索真面目”的关键。
渋谷事变：人外魔境的开端
2018年10月31日晚，东京渋谷车站周边被巨大结界“帐”覆盖，数万普通人被困内部。
高层被迫允许五条悟单人进场平乱，其他一级术师与学生则各自分组支援。
在车站地下，五条一人对阵漏瑚、花御、胀相等特级咒灵，并要确保身边人质不死，战斗极其紧绷。
最终，他以领域展延等高等技巧处于绝对优势，却因为立场与情感在“夏油的躯体”出现时产生瞬间破绽，被羂索使用特级咒物“狱门疆”封印。
五条被封后，日本咒术界瞬间群龙无首。
羂索一方随即开始下一阶段计划：
向东京释放海量咒灵，
借真人之术改造数千普通人，
与各种咒诅师联手大肆屠杀。
在这场持续数卷的“渋谷事变”中：
七海建人被真人重伤，后又被当面“无为转变”杀死；
野蔷薇与真人分身交战时，被本体偷袭致半张脸爆碎，濒死；
禅院家当主禅院直毘人、一级咒术师们多人战死；
东堂葵为救虎杖，与真人苦战，付出一只手与术式的代价；
真人最终被虎杖、东堂联手击败，却被羂索“吃掉”，成为他术式“涡卷”的素材。
渋谷事件以惨烈收场：
东京大部分地区成为咒灵横行的废墟，人类损失巨大。
五条被封、夏油之躯被羂索占据的事实也全面暴露。
渋谷之后：死刑重启与大规模博弈
渋谷事变后，高层把所有责任推给高专方：
夜蛾学长被诬为“煽动渋谷事件”的主谋，遭处决；
五条悟被认定为“永久封印对象”，禁止解封；
虎杖悠仁的“死刑犹豫”被取消，由特级咒术师乙骨忧太担任处刑人。
乙骨回国后很快找到虎杖，一刀刺穿其心脏，又立刻用反转术式将他救活——表面完成死刑，暗中与五条一系站在同一阵营。
此时，新敌人羂索正式以真面目登场：
他是一位从千年前就不断“换身体”的古代术师；
曾用“加茂宪伦”之身制造“咒胎九相图”；
现在则占据夏油的肉体，继承其“咒灵操术”。
羂索的宏大企图，是借咒灵与人类同化，让全日本非术师强制“进化”为新形态人类，再从中诞生“一亿人份咒力”的怪物。
为此，他启动了名为“死灭回游”的大型仪式。